由于造血干细胞无法分离纯化，体内检测技术的过于复杂，使病理性造血干细胞的基础研究十分困难，因此产生了一些流传很广又很久的至今仍然存在的认识误区。从30年前至今，国内外血液学教科书中把所有类型的白血病统统归为“干细胞疾病”，似乎各类白血病的基因突变都发生在干细胞水平。说白血病病变都起源于造血干细胞水平是数十年前的假设和推测，至今还没有过硬的实验根据。事实上，临床常见的各类白血病罕见髓系和淋巴系细胞同时受累的。绝大多数各类白血病病局限于髓系，或局限于淋巴系。慢性髓系白血病受累的有粒、红、巨核等多个系，一般不累及淋巴系。多数白血病细胞仅仅限于粒、单核、红、巨核某一个细胞系，甚至只限于某一个系的某个分化阶段，如早幼粒细胞白血病。由于白血病祖细胞处于祖细胞分裂周期之中，细胞染色体畸变或基因突变往往在有丝分裂中发生或进一步加重。
白血病祖细胞一般对多数化疗药物敏感，而且如果体内还存在没有发生白血病变的正常造血干细胞，化疗效果自然也较好。相反，白血病起源于造血干细胞水平的就不同了，干细胞白血病的临床表现是髓-淋巴两系同时或先后受累，或白血病细胞表型跨越髓-淋巴两系，而且阳性细胞率都较高。多数处于静止期的白血病干细胞，对一般化疗药不敏感，治疗效果很差，预后凶险，病程很短（仅20天左右）。幸好，病变发生于造血干细胞水平的白血病是罕见的。恶变而扩增的造血干细胞被称为白血病干细胞克隆；恶变而扩增的造血祖细胞当然被称为白血病祖细胞克隆。2004-ASH发表的一篇有关“白血病干细胞（LSC）”的“教育”论文，仍然错误地把白血病祖细胞说成白血病干细胞，甚至违反逻辑地说“白血病干细胞起源于造血祖细胞”的奇谈。表明国内外部分血液学作者至今仍不能区分兼有髓-淋两系全面分化潜能的造血干细胞和局限分化某系的造血祖细胞。也说明即使在同行中澄清一个误区仍需要很长时间，甚至经过好几代人。何况参加干细胞研究的人员来自不同的专业，每人的知识面有局限性。历史将证明，白血病干/祖细胞的认识误区必将随病理干细胞基础研究的发展而进一步澄清。
