血液在体内凝固是体内受某种因素的影响，各种凝血因子被激活，因子间发生生物化学反应，最后形成纤维蛋白使血液凝固。所以，血液凝固过程涉及血管壁、血小板、凝血因子以及抗凝物质等，是一个复杂的、连锁的生化反应。这一连锁反应中只要缺乏某因子，就可引起凝血障碍。已经有不少凝血因子基因被克隆分离，如FⅧ、FⅨ、FⅤ及vWF等基因。Ⅸ因子由于血浆中的含量高（5μg/ml）、分子量小，是研究得最早的一个凝血因子。缺乏FⅨ导致乙型血友病。缺乏FⅧ则引起甲型血友病。FⅨ在血浆中以单链酶原状态存在，而FⅧ则以轻重两链与钙离子形成稳定的复合物存在。两者的基因转录后，需经过一系列的加工和活化才能生成有活性的因子。基因的缺陷或加工过程的错误都可造成蛋白因子的减少。FⅧ与FⅨ基因的突变极相类似，有高度的异质性。突变的形式有多种，有缺失、点突变、插入、倒位等。vWF基因突变也有高度的异质性。FⅧ与FⅨ基因缺失长度可从1～2bp到数10kb，缺失部位遍及整个基因，甚至整个基因丢失。
有的缺失可引起框架位移，无规律可循。两者也均有插入突变，有的甲型血友病患者FⅧ基因中有人类L1重复序列的插入；也有乙型血友病患者FⅨ基因外显子Ⅳ与Ⅴ之间插入了一段非FⅨ基因DNA。FⅧ与FⅨ基因的点突变，有不少病例属无意义突变。Taq酶识别TCGA，其中CpG是人类DNA中最易甲基化的位置。由于C可以脱氨形成T，所以也是易突变的位置。例如Gitscher与Wood报道FⅧ基因外显子中7个Taq位点有5个可发生C→T突变，生成终止密码，故是FⅧ与FⅨ基因的突变热点。错义突变都引起翻译后加工缺陷，如372位精氨酸为组氨酸所取代，这一FⅧ变种虽具有正常的分子量，但影响了凝血酶激活FⅧ的过程。乙型血友病也有类似情况。倒位突变是重型甲型血友病的重要致病机制，1995年Antonarokrs等报道在2093例重型甲型血友病有42%为倒位突变，中国人群中也有类似情况。
