本病虽称阵发性睡眠性血红蛋白尿症，但并非都有血红蛋白尿，即使有也不一定是发作性，更非必然在睡眠时出现。而且只有少数患者以血红蛋白尿为首发表现。北京协和医院268例患者中以血红蛋白尿作为首发症状者42例（15. 9%），而仅以贫血为首发表现者占半数以上，若除外再障转为PNH者，那么以贫血作为PNH首发症状者仍有110例，占41. 4%，以出血或伴有贫血作为首发症状者54例，占20. 3%，其他首发症状还有黄疸2例，栓塞1例，乏力1例、发热1例。许多患者经过相当一段时间才出现血红蛋白尿，甚至从无肉眼可见的血红蛋白尿。北京协和医院统计的268例中从无肉眼血红蛋白尿发作者57例，占21. 3%。再加上合并症和疾病的转化等，临床表现多种多样，致使PNH患者常常不能得到及时诊断，乃至长时间漏诊、误诊。在有血红蛋白尿或有长期慢性贫血的患者，特别是伴有白细胞和（或）血小板减少而骨髓又增生活跃者，都应在鉴别诊断中想到本病。确诊本病需要一些实验室诊断方法。我国制定的诊断条件如下：
一、临床表现符合PNH。
二、实验室检查：①Ham试验、糖水试验、蛇毒因子溶血试验、尿潜血（或含铁血黄素检查）等项中，符合以下条件之一者可成立诊断：a.两项以上阳性；b.一项阳性，但具下列条件：两次以上阳性，或只一次阳性然而结果可靠（操作正规、有阳性及阴性对照、即时重复仍阳性）；有肯定的血红蛋白尿发作或有血管内溶血的直接或间接证明；能除外其他溶血，特别是遗传性球形红细胞增多症、自身免疫溶血性贫血、G-6-PD缺乏、阵发性冷性血红蛋白尿症等。②流式细胞仪检查发现：外周血中CD59或CD55阴性中性粒细胞或红细胞＞10%（5%～10%为可疑）。
临床表现符合，试验检查结果具备①项或②项者，均可诊断，①、②两项可以相互佐证。
PNH-再障综合征包括下列4种情况：①再障-PNH：指原有肯定的再障（而非未能诊断的PNH的早期表现）后转变为PNH，而再障的表现已不存在；②PNH-再障：指原有肯定的PNH（而非下述的第4类）后转变为再障，而PNH的表现（包括实验室检查）已不存在；③PNH伴有再障特征：指临床及实验室检查均说明病情仍以PNH为主但伴有一处或一处以上骨髓增生低下，巨核细胞减少，网织红细胞数不高等再障表现者；④再障伴有PNH特征：指临床及实验室检查均说明病情仍以再障为主，但出现PNH异常血细胞（检测补体敏感的有关试验阳性，或用其他方法可检出PNH异常细胞）。根据近年研究，实际可将PNH的分型简化为：①溶血性PNH：以频繁的或持续的溶血为主要表现，缺失GPI连接蛋白的细胞产生多；②低增生性PNH：以显著的全血细胞减少或骨髓增生低下为主要表现，正常的造血细胞增生不良。用流式细胞仪结合临床和骨髓检查即可作出分型。这种简单的分型方法对诊断和治疗都有一定指导意义。
需与本病鉴别的疾病：
一、再障：PNH容易与之混淆的原因是接近一半的病例也有全血细胞减少。两者的主要鉴别点是再障应该骨髓增生减低，而PNH是骨髓增生活跃（特别是红系）。若骨髓增生减低而又能查出类似PNH的异常红细胞，或是有PNH的临床及实验室所见但骨髓增生低下者，应怀疑是否有疾病的转化或是兼有两病（属再障-PNH综合征）。由于两者关系密切，故对某些再障患者也要进行PNH克隆的检查。
二、缺铁性贫血：PNH因长期反复血红蛋白尿而失铁，可伴有缺铁现象，但与缺铁性贫血不同的是补铁后不能使贫血得到彻底地纠正。
三、营养性巨幼细胞贫血：因溶血促使骨髓代偿性过度增生，叶酸相对不足，造成巨幼细胞贫血，但补充叶酸后并不能彻底纠正本病所致贫血。
四、骨髓增生异常综合征（MDS）：个别PNH患者骨髓象可看到病态造血现象，甚至原始粒细胞轻度增高或在外周血中看到少量原始粒细胞。有些学者甚至将PNH也视为MDS的一种。但据观察，PNH的病态造血或原始细胞增多现象系一过性，可以消失。极个别患者可完全变为MDS。另一方面，一些MDS患者也可具有类似PNH的异常血细胞，但其基本特点和疾病的发展仍以MDS为主，很少发生典型的血红蛋白尿或PNH的表现。据观察MDS如果出现PNH克隆可能提示预后良好，故也应对某些MDS患者进行PNH克隆检测。
五、自身免疫溶血性贫血：个别PNH患者直接抗人球蛋白试验可阳性，另一方面，个别自身免疫溶血性贫血患者的糖水溶血试验可阳性，但经过追查这些试验都可转为阴性，更重要的是这两种病各有自己的临床和实验检查特点，鉴别不困难。此外，在大多数情况下肾上腺皮质激素对自身免疫溶血性贫血的治疗效果远比PNH为好。
