主要应与以下疾病鉴别。
一、阵发性睡眠性血红蛋白尿症（PNH）
AA与阵发性睡眠性血红蛋白尿症不发作型鉴别较困难。但该病出血和感染均较少、较轻，网织红细胞绝对值大于正常，骨髓多增生活跃，幼红细胞增生较明显，含铁血黄素尿试验（Ruos）可阳性，酸化血清溶血试验（Ham）和蛇毒试验（CoF）多阳性，红细胞微量补体敏感试验可检出PNH红细胞，N-ALP减少，血浆及红细胞胆碱酯酶明显减少。流式细胞术GPI锚联蛋白检测能快速、准确地将二者区分开来。
二、骨髓增生异常综合征（MDS）
AA与MDS中的难治性贫血（RA）鉴别较困难。但该病以病态造血为特征，外周血常显示红细胞大小不均，易见巨大红细胞及有核红细胞和单核细胞增多，可见幼稚粒细胞和畸形血小板。骨髓增生多活跃，有2系或3系病态造血，巨幼样及多核红细胞较常见，中幼粒增多，核质发育不平衡，可见核异常或分叶过多。巨核细胞不少，淋巴样小巨核多见，组化显示有核红细胞糖原（PAS）阳性，环状铁粒幼细胞增多，小巨核酶标阳性。进一步可依据骨髓活检，白血病祖细胞培养（CFU-L）、染色体和癌基因等检查可加以鉴别。
三、急性造血功能停滞
常由感染和药物引起，儿童与营养不良有关。起病多伴高热，贫血重，进展快，多误诊为急性再障。急性造血功能停滞的下列特点有助于鉴别：①贫血重，网织红细胞可为0，伴粒细胞减少，但血小板减少多不明显，出血较轻；②骨髓增生多活跃，2系或3系减少，但以红系减少为著，片尾可见巨大原始红细胞；③病情有自限性，不需特殊治疗，2～6周可恢复；④血清铜显著增高，红细胞铜减低。
四、骨髓纤维化（MF）
慢性病例常有脾肿大，外周血可见幼稚粒细胞和有核红细胞，骨髓穿刺多次干抽，骨髓活检显示胶原纤维和（或）网状纤维明显增生。
五、急性白血病（AL）
特别是低增生性急性白血病可呈慢性过程，肝、脾和淋巴结肿大，外周血全血细胞减少，骨髓增生减低，易与再障混淆。应仔细观察血象及多部位骨髓象，可发现原始粒、单或原始淋巴细胞明显增多。骨髓活检也有助于明确诊断。
六、恶性淋巴瘤
常伴有非感染性高热，进行性衰竭，肝、脾和淋巴结肿大，黄疸和出血较重，也可外周血全血细胞明显减少，骨髓细胞增生减低，常有噬血细胞现象。仔细查体、多部位骨髓检查和淋巴细胞免疫表型检测，以及免疫球蛋白重链基因重排/T细胞受体基因重排检测，常有助于淋巴瘤诊断。
七、其他需除外的疾病
毛细胞白血病、儿童急性淋巴细胞白血病前期、长时间饥饿和厌食症、结核病、骨髓转移癌和脾功能亢进等。
