抗原蛋白进入机体后，免疫反应必须有T、B细胞对同一抗原的识别。MHC分子引导T细胞识别抗原呈递细胞（APC）表面呈递的抗原，B细胞是通过递呈抗原与T细胞作用，反过来又会接受抗原“辅助”。B细胞本身也是APC，有独特性质，能通过细胞表面广泛分布的抗原受体（表面免疫球蛋白）摄取抗原。特异性抗原被摄取和递呈的效率较非特异性抗原高100～10 000倍。但有些研究表明，静止的小B淋巴细胞体外作为APC激活早期T细胞有缺陷，不易将其变成为Th1和Th2细胞。另一些细胞，如树突细胞（DC）和激活的巨噬细胞提供了T细胞激活的基因信号，并有协助B细胞功能。
T细胞和B细胞相互作用的分子
免疫反应的强弱由抗原位置和剂量决定。T、B淋巴细胞需要协调作用。仅仅依靠抗原受体识别抗原尚不够，还需要第二种辅助信号。抗原识别发生于淋巴器官，T细胞主要在副皮质区。副皮质区最丰富的APC就是DC细胞。正常淋巴窦中有巨噬细胞，滤泡中有B细胞。对于新生T细胞来讲，新生B细胞不是很好的APC细胞，很可能副皮质区并指状树突细胞（IDC）诱导的T细胞激活，启动了免疫反应。
在转TCR基因的T细胞上已阐明了新生T细胞体内激活的复杂机制。注入抗原在无佐剂时，T细胞或无反应或反应持续时间短、程度低。相反，当注入佐剂时提供了一个局部感染的状态，DC迅速摄取抗原，移至局部淋巴结的副皮质区。被细菌脂多糖刺激后巨噬细胞释放TNF-α，引起局部炎症反应。DC激活给T细胞提供了强刺激信号，使T细胞激活，产生克隆性增殖。可能细菌产物激活的巨噬细胞释放的细胞因子如TNF-α和IL- 1激活了DC。这一起始反应启动了DC，T细胞和其他细胞间的瀑布式作用。TNF-α和IL- 1启动DC上CD40的表达，加强T细胞CD40配体的作用。CD40/CD40L相互作用促进B7表达，通过CD28信号途径引起更强的T细胞反应。这一共刺激途径的主要作用是防止凋亡和促进增殖。CD28共刺激不改变bcl- 2，但上调bcl- XL。
为使T、B细胞更有效的相互作用，这些细胞必须移行至淋巴器官，遭遇与其相互作用的细胞。当淋巴细胞从造血微环境出来后，进入一个开放区域（软组织）。成千上万的T细胞都有机会通过IDC筛选，如果找到与其TCR相匹配的MHC/肽复合物就会启动免疫。T、B细胞早期相互作用发生在副皮质区域，受滞留于滤泡细胞的抗原激活的B细胞移至外层的T细胞处，遇到致敏的T细胞。一些T细胞留在淋巴结中，另一些T细胞移出成为记忆细胞。记忆细胞CD45RO+表达CD40L，表明处于激活状态。外部滤泡B细胞的作用取决于早期致敏的T细胞和致B细胞分化的因素。T细胞有三处与MHC/肽复合物相互作用：IDC，DC相互作用；T细胞外围区与致敏的B细胞作用；在滤泡和中心细胞作用。
在外部滤泡作用后，T、B细胞移到滤泡启动生发中心。与T细胞区相比，在滤泡的T细胞很少，但是当外部滤泡反应后，许多抗原特异性T细胞进入滤泡继续增殖。在外部滤泡区B细胞激活后迅速增殖，将少量B细胞输出，形成外套形式（mantle）。这些占据与T细胞区相邻的滤泡区的细胞称为中心母细胞。它们可以按细胞周期继续增殖6～7小时，但是数量上不增多。因为它们移至生发中心的亮区产生非分裂的中心细胞。中心母细胞经历体细胞突变过程，使中心细胞表面免疫球蛋白的亲和力发生改变。
在FDC抗原结合基础上，中心细胞经过筛选，对抗原有亲和力受体的细胞被选择并生存下来成为记忆细胞，并进一步分化成浆细胞。大部分B细胞由于凋亡诱导基因c- myc，P53，Bax高表达，而无bcl- 2表达，死于凋亡。CD40/CD40L和B7- 1、B7- 2/ CD28作用对完善生发中心很重要。CD40配体抑制中心细胞凋亡的启动，激活高亲和力中心细胞分化至记忆B细胞。中心细胞和浆细胞分化由可溶性CD23和IL- 12调控。
