接替孙中山担任临时大总统职务的是得到帝国主义列强支持的袁世凯。早在清末新政时期袁世凯就是朝廷大员中禁烟派的主要代表人物。从总体上看，袁世凯主持北洋政府时期是主张禁烟的。这一方面固然是受到南京临时政府禁毒政策的影响，另一方面从更深层次来讲也是继承了清末禁烟法令和措施的结果。北洋政府在袁世凯主政期间，采取了各种强硬措施，在中英十年约期内初步完成了禁种罂粟制止鸦片流毒的任务。
袁世凯在就任临时大总统的当天，宣布在民国法律未议定以前，暂行援用1911年经资政院议决拟于1912年公布施行的《新刑律》。《新刑律》中有一章是鸦片烟治罪条例，共有10条。其中规定，贩卖和制造鸦片、鸦片烟具以及收藏鸦片烟者，处三等至五等有期徒刑，并处500元以下罚金；官吏纵容外国商人贩运鸦片或鸦片烟具，处二等或三等有期徒刑，并处1000元以下罚金；开设鸦片烟馆及私种罂粟者均处四等以下有期徒刑，或拘役，罚处300元以下罚金。同时规定犯有以上各条者剥夺其选举权、被选举权和参加考试、出任公职等公权，现任官员免职。
1912年5月，北迁后的参议院通过了禁烟法案，提议全国禁绝罂粟种植日期为当年12月31日（后改为1913年6月30日），在“禁卖”一章中明确要求各鸦片烟土膏店按月递减，届期一律关闭，剩余鸦片烟土一律缴禁烟局，统一销毁，违者治罪。[93]
10月28日，袁世凯以临时大总统名义颁发严禁私种鸦片令，晓谕种者不准再种，贩者分别停歇，吸者立即戒除，违者一律治罪。
同年，北洋政府内政部鉴于戒烟药中往往掺有鸦片，作出严行禁止的补充规定，次年又对贩运和销售罂粟种子也作了明文禁止，违者处五等有期徒刑或200元以下罚金。1914年4月，又出台了《吗啡治罪条例》，规定制造、贩卖吗啡者分别情形处以三等至五等有期徒刑，并处500元以下罚金；巡警和海关关员纵容包庇贩运吗啡者处以三等以下有期徒刑。同时规定海洛因等毒品亦适应本条例规定。[94]这年3月5日北洋政府还公布了《禁种罂粟条例》，宣布如有再种罂粟，各地政府一经发现必须强行铲除。上述法律文件对于确保民初禁烟运动健康有序进行起了重要的保障作用。
京师为首善之区，1912年5月，京师警察厅发出通告，限全市土膏店在5月16日之前停业。
在山西，都督阎锡山将禁烟作为他大力推行的“六政三事”的重点，在各村搞起了戒烟会。由于他禁烟彻底获得了北洋政府的嘉奖，山西也因之称为“模范省”。
浙江全省禁烟督办、第六师第十一旅旅长张载阳亲自“带兵分巡各区，无论官民有贻误烟禁者概以军律执行”。[95]
远在祖国边陲的新疆也不例外。1914年8月，省长杨增新下令，限制英侨、俄侨将毒品输入新疆，同时禁止任何人包括英侨、俄侨在新疆种植罂粟。奇台县知事郑有叙亲自下乡查禁，将平顶渠烟犯张丙堂、莺格布拉渠烟犯王正福等拿获正法。[96]
严厉的禁烟措施收到了预期的效果。1913年上半年，英国调查人员在中国外交部特派专员的陪同下赴各地实地查验，认定直隶、广西、安徽、湖南、山东五省已禁绝鸦片。英方承诺自这年6月15日起，不再向上述五省运入外国鸦片。1914年，经中英双方派员会勘，确认福建、湖北、浙江、河南四省的鸦片烟苗已全部肃清，决定自当年6月15日之后外国鸦片不再运入上述四省。
其他尚未完成禁种鸦片任务的各省在北洋政府的严厉督责下，也在十年约期行将届满的紧急情况下分别采取了强硬措施，最终在1916—1917年完成了任务。英国政府只能履行中英禁烟条约的义务，宣布停止向中国输入鸦片。
必须指出的是袁世凯主政时期的禁烟工作并非十全十美，无懈可击。1915年4月下旬，袁世凯在英国的武力威胁和外交压迫下派蔡乃煌为禁烟特派员前往上海，直接与沪港烟土联社谈判有关存土销售问题。上海联社的主持者是英籍犹太巨商爱德华·释拉。此人是新康洋行和《大陆报》馆的主人，在他的主持下，上海联社在民国成立前后大量收买小同行及广州、香港各地的存土，堆存于怡和、沙逊两家仓库栈房内，囤积居奇，加价出售，印土原价每箱2000余两白银被抬至每箱10000余两白银，比国产的烟土高出几倍，自然影响了印土的销路。[97]蔡乃煌抵沪不久就与外国鸦片贩子们签订了《苏赣粤三省禁卖土烟合同》，在禁止售卖土烟的幌子下，帮助联社出售他们积存的6000箱左右的鸦片。联社方面则保证在合同期内向中国政府交纳6000箱以上的捐款，每箱3500元，这样实际充当外国鸦片推销员的袁世凯政府即可稳获2100万的财政收入。消息传出后，国内舆论一致认为，此举“名曰查禁私烟，实为督销洋烟”，坚决反对，但袁世凯不为所动，电令苏赣粤三省照办。
在一些地方，实际上也没有完整地全面地厉行禁烟。如1914年甘肃总督张广建控制下的禁烟总局只禁种植鸦片而不禁贩运、出售和吸食鸦片。如此禁烟的动机据说是为了增加甘肃本省的财源。
陕西禁烟则是先紧后松。该省进入民国后禁烟工作进展良好，不料在1914年秋忽然又恢复了土药罚款局、戒烟药膏销售处，后来又搞了稽核征收罚款总局，禁烟出现了大倒退。[98]
从中央到地方各级官员这种目光如豆、见利忘义的愚蠢之举，给了处于绝境的中外鸦片贩子以可乘之机，使他们得以继续用烟毒危害中国人民。
除此之外还有一批趁机贪赃私贩、知法犯法者。湖北郧西县知事尹忠在禁烟期间查获烟土不下数千两，均私自“遣其科员蔡某、表弟严中节，藉解饷来省之便，潜运汉口销售”。1914年10月13日，当严中节派家丁私运烟土至省城途经襄阳时被人告发，当场被道尹截获烟土九斤十二两，价值约千金。案发后尹忠还想方设法，企图嫁祸于表弟的家丁身上。[99]在“模范省”山西，关卡厘金局常有捕获私运烟土情事，然而有关经办官员竟敢收赃私放。“与烟犯彼此相喻，两方面咸以两得其利为归宿。故其会见，含有调和之性质焉”。有一烟犯光顾了向官员行贿数百金，没有向兵士行贿十五金，结果功亏一篑，仍被告发下狱。[100]另据报载，山西陆军辎重营少校唐复兴退伍后不务正业，私养护勇，执同州某军官护照，骑马持枪，在山陕沿河一带包运烟土，所过关津无人敢于查阻。唐复兴还行贿买通禹门局绅李天培偷运烟土入晋。至案发时止，唐已“带兵护送烟土四五千两”[101]。
在职官员的贪赃枉法，严重干扰了禁烟运动的进行。为了金钱、暴利，总会有些人不顾法律、道德，以自己的官位、权势为赌注，甘愿与鸦片贩子为伍，与人民为敌。
在袁世凯统治时期，中国还有一些处在帝国主义侵略势力控制之下的禁烟盲区。其中，问题最突出的是大连、青岛两地。这两个地方的中国海关实际操纵在日本人手里，因此成了当时鸦片、吗啡贸易最巨之地。1905年，日本在日俄战争中战胜俄国后，从俄国手中夺取了原本租自中国的旅顺口和大连湾以及长春到旅顺的南满铁路及其相关权益。1906年日本设立关东都督府，治理旅大租借地。关东都督府制定了鸦片专卖的制度，放手贩毒。仅在大连一地，日本人在1913年就卖掉了六又四分之一吨吗啡，获利840万元。1912年，中国外交部在致日本伊集院的节略中就指出：“吉省禁烟查察最难，日本烟土外运之途一日不绝，即一日多一密卖之窟，禁令格不能行。大连一带，竟公然租地种烟，盈阡累陌，弥望数十里，既有产地，又有销场，故屡禁而不能绝。”[102]1915年8月，日本借参加第一次世界大战对德宣战为名，出兵攻打青岛战胜德军后，强迫中国政府与之签订《恢复青岛海关协定》，将原来德国攫取的侵略权益据为己有，其中规定1905年12月1日中德有关青岛的协定依然有效，只不过将文本中的“德国”一词换成“日本”即可。而1905年12月1日的协定中规定：“无论何种货物，在青岛上陆，有政府执照者，不受海关检查。”日本根据这一条款肆无忌惮地进行有组织的毒品输入，“盖输入之土，皆假军用品三字为名，用巨箱运装”。[103]1916年，日本在青岛公然开设“扶桑官膏局”，由中国毒贩刘子山具体经办贩烟生意。该局毒品主要来自台湾、南洋、波斯等地，由日本军舰负责运输。年进口熟膏6300余斤、波斯土2660斤、台湾土2740斤，售后利润由刘与日本人平分。[104]驻青岛的日军还暗中支持日本浪人勾结中国土匪孙百万部贩卖鸦片、海洛因。又由于胶济铁路为日本人所管理，所以他们能够将鸦片毒品偷运到上海及长江一带销售，“据闻每次运2000箱，每箱值20000元，合计4000万元”。[105]
帝国主义列强在中国土地上横行霸道、耀武扬威，使得中国官方很难在一些地方采取有效的措施彻底根除毒瘤，因此这些禁烟盲区就成了中外贩毒者的乐园，中国毒患反复发作的“盲肠”。
