Ⅱ型自身免疫性多内分泌腺病综合征（Ⅱ型APS）比Ⅰ型APS常见，多发生于成人。Ⅱ型APS的组成成分虽然有许多疾病与Ⅰ型APS相同，但主要受累的内分泌腺与Ⅰ型APS不同，即主要累及肾上腺和甲状腺，表现为自身免疫性功能减低和1型糖尿病。如组成成分为原发性甲状腺功能减低、原发性肾上腺皮质功能减退与自身免疫性1型糖尿病，称为Schmit综合征。Schmit综合征累及的多个腺体可先后发病，间隔时间较长且常伴发其他非内分泌的自身免疫病。临床表现较为复杂，须详细检查，紧密随访以提高诊断率。
Ⅱ型APS与HLA-Ⅱ单体型DR3/DR4连锁
各组成疾病与HLA不同类型之间的连锁不一定相同。患慢性淋巴细胞性甲状腺炎和1型糖尿病的易感HLAⅡ类单体型为HLA DRB1*0302-DQA1*0401-DQB1*0402和DRB1*0901-DQA1*0302-DQB1*0303；Graves病和1型糖尿病的易感HLAⅡ类单体型为DRB1*0405-DRQA1*0303-DQB1*0401和DRB1*0802-DQA1*0301-DQB1*0302；而有自身免疫性甲状腺炎和垂体炎的易感HLAⅡ类单体型为DRB1*0405-DQA1*0303-DQB1*0401和DRB1*0405-DQA1*0303-DQB1*0401；单独Graves病的易感HLAⅡ类单体型为DRB1*0803-DQA1*0103-DQB1*0601。由此可见，Ⅱ型APS易感的HLAⅡ类单体型是不同组合的特殊HLA基因。
Ⅱ型APS的遗传性状与人类白细胞抗原（HLA）型别有关。HLA基因位于6号染色体短臂，此区域内估计含有128个表达基因，其中约40%具有免疫功能。多基因遗传病的病因复杂，HLA只是Ⅱ型APS的遗传标志，仅决定本病的易患性，而非直接病因。在Ⅱ型APS中，如Graves病、1型糖尿病、Addison病、重症肌无力、浆膜病均与HLA型别联系，包括扩大了的HLA单倍体型HLA A1、B8、DR4（DQA1*0201）、DR3 （DQB1*0201）。
自身免疫炎症性毁损引起内分泌腺体功能减退
Ⅱ型APS中内分泌腺的病理改变为自身免疫性炎症。炎症破坏受累的腺体组织，临床上表现为腺体或细胞功能减低。与免疫有关的HLA的易感和保护基因连锁不平衡导致免疫功能紊乱，表现为T淋巴细胞亚群比例失调，即表达激活/记忆标志的T淋巴细胞增多而产生自身抗体和自身免疫反应性炎症，其中CD40是TNF受体家族中的成员，主要由免疫细胞和许多非免疫细胞分泌，在自身免疫性疾病的发病中起了重要作用。
