答：细菌是一类肉眼无法观察到的单细胞微生物，经历了漫长的研究才形成了系统的分类学。1683年，荷兰科学家虎克发明了显微镜，并最先观察到细菌。根据显微镜观察的细菌形态，人们最初将细菌分为球菌、杆菌和螺旋菌三大类。1884年，丹麦细菌学家革兰发明了一种新的染色方法，并根据细菌染色的着色情况分为革兰阳性菌和革兰阴性菌两大类。固体培养基的发明和纯培养技术，进一步为细菌的表型分类研究奠定了基础。细菌的一些基本生化特征，如对氧气的需求、氧化酶试验、触酶试验、糖发酵试验等，成为细菌分类的重要依据。但早期的细菌分类非常混乱，同一种细菌可能存在多个不同的名称或叫法。美国医生伯杰意识到细菌统一命名的重要意义，在他的倡导下，美国微生物联合会于1923年出版了《伯杰细菌学鉴定手册》，该手册及后来的再版为统一的细菌鉴定、检索与分类提供了框架。
后来，受进化论思想的影响，一些细菌学家也认为细菌也应该按照其自然的进化关系来进行分类，但由于细菌的体积微小，且缺乏类似于动、植物的“活化石”，因此，通过形态特征与表型试验的方法来研究细菌的生物进化和亲缘关系是非常困难的。1976年，美国科学家Woese建立了核糖体RNA编目法，为生物亲缘关系研究，特别是细菌的进化和分类研究奠定了基础。Woese的研究，还促进了一门新的学科的诞生，即原核生物系统学。1994年，《伯杰细菌学鉴定手册》更名《伯杰系统细菌学手册》，以体现原核生物系统学中整体的细菌之间亲缘关系的内容。然而，尽管核糖体RNA基因编目法为主要依据的遗传学分类法，能反映菌种之间的亲缘关系，但在细菌的自然演化过程，不同的菌门、菌纲、菌目、菌科、菌属，甚至菌种之间，均不存在一个明显的基因分类的界线，因此，细菌的遗传学分类仍然不能抛弃传统的形态学、生理生化和化学特征。目前，细菌的分类学研究正发展成为把传统的形态学分类、生理生化分类、化学分类和分子生物学等各种信息综合分析，来确定菌株的分类地位，即多相分类学。
