如何利用细菌“种”定义的遗传学依据，进行细菌新种的确定？

答：目前，16S rRNA基因序列的同源性和系统发生分析是确定细菌分类地位的最简便和快捷的方法，对于任何可疑的细菌新种，都应该先进行细菌的16S rRNA基因测序，再根据16S rRNA基因序列的结果进行进一步的管家基因的测序、DNA-DNA杂交，以及其他生理生化或化学分类的实验，其具体的实验思路如下：①如实验菌株的16S rRNA基因与其他已知种的相似度低于97.0%，则可以初步确定为未分类的细菌新种；与其他已知种的相似度低于95.0%，可以初步确定为未分类的细菌新属。②如实验菌株的16S rRNA基因序列与其他已知种的相似度大于99%，则必须结合DNA-DNA杂交的结果来进一步分析，DNA同源≥70%，且其Tm≤5度的菌群为一个种，与其他已知种的DNA同源性不到50%者，则可以初步确定为未分类的细菌新种。③如实验菌株的16S rRNA基因与其他已知种的相似度在97.0%到99.0%之间，亦通常为未分类的细菌新种，可先进行管家基因的测序分析；如一个或多个管家基因的序列与其他已知种的相似度低于94.0%，则其全基因组序列的平均核苷酸鉴定度亦可能低于94.0%，可初步推断为未分类的细菌新种，但必须以DNA-DNA杂交实验进行验证。④对于遗传学方法初步鉴定的细菌新种，还必须参考相关菌株的鉴定标准，进行系统全面的生理生化的、化学的、遗传学的分类学实验。