由于厌氧菌种属之间的生化差异不大,因此鉴定厌氧菌必须结合标本来源与性状、染色特性与镜下形态、培养特性与溶血性、菌落特征与色素产生(色素的产生受培养基成分以及加入血液类型的影响很大)、抗菌谱与生化特征、荧光测定(应选择新鲜培养物,使用366nm长波紫外线进行照射)、对代谢产物的气-液相色谱分析,以及采用分子测序和质谱测定等方法,这样才能准确地将厌氧菌鉴定到种的水平。选用厌氧菌生长良好的培养基,对于试验结果的解释是非常必要的。

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