新的临床或环境菌株可以通过主要的表型初步识别为新生隐球菌或格特隐球菌。血清分型法多年来一直用来鉴别新生隐球菌(血清型A,D或AD)和格特隐球菌(血清型B或C)。其中血清型A为新生隐球菌格鲁比变种,血清型D为新生隐球菌新生变种,AD型为格鲁比变种和新生变种的杂合体,目前也归入新生隐球菌新生变种。血清型B、C为格特隐球菌。识别新生隐球菌和格特隐球菌的种类和亚群的最可靠的方法是依据DNA的分子方法。目前,新生隐球菌和格特隐球菌有9种明确的分子型亚群:VN Ⅰ-VN Ⅳ、VNB(新生隐球菌)以及VG Ⅰ-VG Ⅳ ......