一、蛋白质分子对接软件简介

常用的分子对接软件包括Dock、AutoDock、FlexX、HadDock等。其后版本对能量的优化采用拉马克遗传算法（LAG），LAG将遗传算法与局部搜索方法相结合，以遗传算法迅速搜索势能面，用局部搜索方法对势能面进行精细的优化。Haddock程序主要用于蛋白质-蛋白质分子间的对接。它与上述软件的一个较大区别在于，在分子对接的过程中需要用到生物化学或生物物理学的相关相互作用数据。Haddock最大的一个用途是：首先通过磁共振实验的化学位移微扰技术确定蛋白质分子间的作用界面，然后基于此实验数据进行分子间对 ......