（一）VP1区

VP1区全基因序列是公认的进行基因特征和进化分析的标准区域，第一次EV71全基因组序列测定是在1995年，EV71病毒的基因序列比人们预期的更加复杂，如果只用部分选择的序列片段去检测，可能无法完整描述这个病毒序列，可能导致病毒不同亚群种系发展的误判。因此进行全基因序列检测十分必要。另外，全基因序列检测还能够鉴别突变的共分离现象并且能将两个亲缘很近的病毒株重组的病毒株鉴别出来。我国大陆地区的EV71毒株在种系进化上有较高的同源性，分离的9株C4亚型病毒进行全基因组序列比较，结果提示同源性在94.5%～99. ......