[文献资料]二、蛋白质结构相似性比较的统计显著性

在蛋白质结构相似性比较的度量值中，最直接、直观且简单的方法是RMSD值。其计算公式是，首先将两个待比较的蛋白质结构进行迭合即通过对一个结构的平衡及正交旋转，使两个结构对应的原子（在实际情况中主要下考虑C α原子）之间的距离最小，然后计算二者之间的标准差，其计算公式可表达如下：式中。比如现有两对蛋白质，第一对蛋白质的长度（即残基数）为50，第二对蛋白质的长度为300，它们的RMSD值均为3.0。上图中浅色的是新建的概率值显然要比老的概率值具有一致性，与老的概率值相比，它更加独立于相应的N值。