用细胞学、组织培养或抗原检测患者沙眼衣原体感染时,应在上皮细胞活性较好的部位取拭子或刮片,如:结膜炎中的结膜和生殖道感染中的男性尿道前端或女性子宫颈内(宫颈口内或移行区)。在其他一些临床情况下,也可采集子宫内膜、直肠黏膜、鼻咽喉部的标本。咽拭子可用于肺炎衣原体的检测。人类鹦鹉热衣原体感染的检查可采集痰、血液标本。用属特异性的单抗或吉姆萨染色法可查到鹦鹉热和肺炎衣原体的包涵体。补体结合试验(CF)诊断衣原体感染应用最广泛的血清学方法。双份血清,抗体滴度增加4倍或更高可用于诊断鹦鹉热、肺炎衣原体。单份血Ig M滴度大于1 ∶ 32可以支持新生儿衣原体肺炎的诊断。
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