HSE的主要治疗措施是病因治疗(抗病毒治疗)和对症支持治疗。2010年欧洲神经病学学会联盟(EFNS)的《病毒性脑炎诊断方法概述及治疗指南》和2008年美国感染疾病协会(IDSA)的《脑炎临床治疗实践指南》均推荐首选阿昔洛韦(acyclovir,ACV)作为治疗HSE的药物(A级推荐,级证据)。