舍曲林的主要代谢途径为去甲基化而形成N‐去甲基舍曲林,该代谢产物对5‐HT再摄取抑制能力弱于原形药。体外研究显示舍曲林为CYP2D6的轻至中度的抑制剂,这可能与该药的药物相互作用有关。在健康志愿者中,舍曲林(50~200mg/d)与安定或阿普唑仑合用时,他们的药动学参数无明显改变。