基因芯片具有广阔的应用前景,但基因芯片在技术上仍然存在一些问题。复杂的寡核苷酸存在的高级结构和自身配对,会影响它与靶序列的杂交,或形成不稳定的杂交二聚体,这都将影响结果的分析。由于疾病的发生和发展、药物的作用大多在蛋白质水平上进行,而mRNA和蛋白质的关系在结构和动力学上是高度非线性的,如蛋白质的糖基化和磷酸化在mR NA水平是无法判断的,mRNA和蛋白质在体内具有不同的半衰期。展望21世纪,基因芯片将为人类疾病基因的检测、药物的靶标发现、药物筛选与开发提供一种强有力的工具。