研究表明,利福平(RFP)的作用靶位是DNA依赖性RNA多聚酶。亚基蛋白(Rpo B)编码基因rpo B的突变是利福平耐药性主要原因。目前为止,96%以上的临床分离利福平耐药株是因rpo B基因突变的结果。利福平是一步突变耐药类型,rpo B突变部位和耐药水平高低、利福霉素类之间的交叉耐药性有关。511编码子的亮氨酸为脯氨酸置换,522编码子的苏氨酸为亮氨酸置换可导致对利福平的耐药,但对利福喷丁和另一衍生物KRM1648敏感,说明还存在其他作用机制。