不同种类的微生物,其基本结构和化学组成不同,因此对消毒药的抵抗力差异较大。病毒可分为亲脂性病毒和亲水性病毒两类。如流行性感冒病毒、牛痘病毒和疱疹病毒等,包膜中的脂类对脂溶剂乙醚、氯仿等敏感,这类病毒很容易被消毒药杀灭。另一类亲水性病毒的表面没有类脂物包膜,如脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒和埃可病毒等,这类病毒的抵抗力比亲脂性病毒强。真菌中除了厚膜孢子和有性生殖孢子外,其它类的真菌抵抗力与一般细菌繁殖体相似。螺旋体和立克次氏体对消毒药的抵抗力一般都较弱。