CTX口服吸收良好,给药后约1小时,血药浓度达到峰值。在体内主要由肝脏代谢成为活性形式,有饱和限制性,易被诱导和抑制。代谢第一步是生成4 -羟基环磷酰胺,它自发开环生成醛磷酰胺,与CTX保持动态平衡,经由可溶性酶分别转化为4 -酮- CTX和羧基磷酸胺。此两者无细胞毒作用,从尿中排出。未经氧化的醛磷酰胺可自发形成丙烯醛和磷酰胺氮芥,后者是CTX的活性产物,具有烷化活性和细胞毒作用。CTX的代谢产物对膀胱有一定的刺激性。