真核生物的TOPO Ⅱ为同源二聚体,其前体分子量约为160~180kD。在与旋转酶(原核生物的TOPO Ⅱ)进行氨基酸序列比较的基础上,每一个TOPO Ⅱ单体可划分为三个不同的区域[ 4 ]。N末端包括前600个与DNA旋转酶的B亚基同源的氨基酸残基,其中含有与ATP结合的同源序列。中部的功能域含有约1200个氨基酸残基,与旋转酶的A亚基同源,其中的804位酪氨酸残基在催化反应中与DNA形成共价键。C末端序列因不同生物而异,在旋转酶中并没有相对应的同源区域,这一可变区域富含带电子的氨基酸残基并且有核酸定位的序列以及体内的磷酸化位点。或者以不连续的方式,与原来底物解连接后开始作用于新的DNA底物[ 13 ]。
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