5‐HT功能活动降低与抑郁症有关,而5‐HT功能增高与躁狂症有关。选择性5羟色胺再吸收抑制剂(SSRIs)可阻滞5‐HT的回收而起抗抑郁作用。5‐HT前体5‐羟色氨酸能治疗抑郁症。研究发现抑郁症患者CSF中5‐HT代谢产物5‐羟吲哚乙酸(5‐HI AA)含量降低,且5‐HI AA水平降低与抑郁症患者的自杀行为有关。总而言之,很多证据都支持5‐HT假说的重要性,但抑郁症病生理发病机制中的关键部分可能存在于“下游”,即5‐HT受体激活后的反应如第二信使系统或神经内分泌系统的改变。