四、测序策略

尽管核酸序列测定方法越来越成熟、简便并且可以自动化，但事实上，对于一个片段较长、序列未知的待测核酸而言，仍然是一件耗时且烦琐的工作。对于一个待测DNA分子，要制定一个能够简捷准确的测定方案，一般可以从以下几个方面考虑：DNA片段大小。因此，在进行序列测定之前，必须首先考虑待测DNA分子的大小，其次是所要测定的序列范围以及要求的序列精确程度等，再结合实验室的条件选择切实可行的克隆及测序方案。大片段未知DNA序列片段的定向连续次级克隆法，亦称嵌套系列缺失突变体法，是目前常用的一种策略，此法具有节省工作量、便于拼读等优点。目前，利用核酸外切酶Ⅲ和核酸酶BAL31构建连续次级克隆的方法比较成熟。