同一种MHC分子可识别一组具有某些共同特点的T细胞表位,如HLA‐2.1不同的T细胞表位的第二位多为亮氨酸(Leu),而第9位总是疏水性氨基酸。构成肽模体氨基酸残基是与MHC分子凹槽结合的锚定残基(anchor residue)。由于MHC‐Ⅰ类分子结合T细胞表位锚定残基部位在其凹槽两端,因而这类T细胞表位长度较短,变化自由度不大。因为抗原递呈给TCR的过程是一个复杂的过程,包括蛋白酶的消化、TAP的转运等,如果一个按理论推测可能的抗原表位在蛋白酶的消化过程中被切断,或不能被转运,从而不能与MHC结合,也就不能被TCR识别,T细胞就不会被致敏。目前T细胞表位的预测仅限于肽与MHC分子结合这一环节。
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