4﹒3 CADD尚待解决的问题

首先，受体和配体之间自由能的评估：因为分子活性的大小常常是由受体和药物分子之间的结合自由能来决定的，所以体系的自由能计算非常重要。虽然目前已有很多方法，如线性相互作用能方法等，但总的来看结合自由能的评估还需要做大量的工作。我们所关心的大量生命过程都是在溶剂条件下进行的，在溶剂和真空中，分子的构象可能会存在较大的区别，所以发展快速而准确的溶剂效应计算方法是计算机辅助药物分子设计的一个重大挑战。