类催化氧化-还原反应的酶。以黄素单核苷酸(FMN)或黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)为辅酶。其中FMN以非共价键与蛋白质相连接,而FAD则可以共价键或以非共价键与蛋白质相连接。某些黄素酶的结构更复杂一些,除含黄素核苷酸外还含有金属离子或血红素。