肺孢子菌(pneu mocystis)于1909年和1910年分别由Chagas和Carini在感染了锥虫的豚鼠和大鼠肺组织中发现,并认为是锥虫的一种类型。寄生于人体内并引起感染的肺孢子菌不同于以大鼠作为中间宿主的卡氏肺孢子菌,二者的18S RNA序列差异达5%。随着越来越多的研究结果证实肺孢子菌的宿主特异性,在1997年肺孢子菌国际研讨会上决定给予其新的命名,但鉴于各肺孢子菌之间是否存在遗传性差异尚未最终证实,故将其差异暂定为型间差异,而非种间差异,将伊氏肺孢子菌仍归属于卡氏肺孢子菌,即人型卡氏肺孢子菌 ......