BLAST由NCBI开发,是一种基于动态规划和启发式算法的局部序列相似性比对程序。所处理的序列包括核苷酸和蛋白质序列,用于比对的数据库可以是一个也可以是多个。BLAST比对强调局部而非全局。用于全局的比对算法要求两条序列的全部片段均相似,而局部比对要求两条序列不一定全部相似,只要两条序列中有相似的部分就可以产生结果。单机版的BLAST通量高,可同时对多条序列进行比对,但是安装麻烦,操作繁琐,需要有一定生物信息学基础才能使用。