尽管酵母双杂交技术的应用十分广泛,但其内在局限性,如表达的靶蛋白与诱饵蛋白有些不可溶,有些无核定位,蛋白翻译后的修饰不适当,可能不正确的折叠及酵母细胞内特定因素引起的假阳性与假阴性等问题,在酵母细胞内是很难解决的。1998年,Karimova G等人将待测蛋白X与Y,分别与来自百日咳傅德特氏菌的腺苷酸环化酶的T25与T18片段融合转入大肠杆菌。哺乳动物细胞的双杂交系统能更真实地反映待测蛋白间的相互作用,并且能够实时观察或鉴定外界处理因素对这种相互作用的影响。可以预料,发展中的酵母双杂交系统将在包括细胞信号转导研究在内的蛋白质组研究中发挥越来越重要的作用。
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