离子通道实际上是一类跨膜糖蛋白,是由多个亚基构成的复合体。其中每个α亚基由四个跨膜区组成,每个跨膜区则由六个跨膜肽段及其间的连接肽段组成。电压依赖性钾通道主要结构特点为:①每个亚基有S1‐S6六个跨膜肽段,S4为电压感受器(voltagesensor),S4‐S5连接区与钾通道的电导大小及通道的失活有关,S5‐S6间的连接肽段组成通道口,即P区(poreregion),S6段高度保守。通道蛋白在细胞外侧有三个N‐糖基化位点.通道蛋白的氨基端和羧基端均位于胞浆侧。各亚单位上位于S5和S6跨膜片段之间的P‐环(P‐loop)共同组成位于通道中心的K +选择性的孔道结构,类似于Kcs A钾通道的孔道结构。
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