很多细菌和细胞中都能识别外来的核酸并将其分解,1962年发现这是因为细菌中含有特异的核酸内切酶,能识别特定的核酸序列而将核酸切断。合成限制酶的细胞自身的DNA可以不受这种酶的作用,因为细胞还合成了一种修饰酶,它改变了限制酶识别的DNA顺序的结构,使限制酶不能起作用。换句话说,识别4核苷酸的限制酶将DNA切得太短,识别8个核苷酸的限制酶将DNA切得太长,而识别6个核苷酸的限制酶则比较适中,切下的DNA片段平均长4.1kb左右。