与细胞凋亡有关的蛋白酶类主要有三大类,即蛋白酶、蛋白激酶和核酸内切酶。Caspase抑制剂能阻断神经营养因子缺乏和细胞毒引起的神经元死亡,说明Caspase在神经元死亡中具有无可置疑的重要性。神经元存活依赖于神经存活因子激活信息转导途径,而信息转导途径中的许多成分就是蛋白激酶,磷酸化下游成分而形成信息转导的级联反应。在神经细胞凋亡过程中规范化死亡程序的许多步骤并不清楚,但是不论是信息转导途径的蛋白质还是一些结构蛋白质,如微管相关蛋白tau的磷酸化和脱磷酸化都对细胞存活起重要作用。