深部真菌病是指侵害皮肤、黏膜和内脏的真菌所引起的感染。如念珠菌性皮炎或口腔炎可导致急性肠胃炎、败血症,甚至致死。抗细菌的抗菌药对深部真菌病无效,而抗真菌的抗菌药常有共同的或特定的抗真菌谱。如两性霉素、氟胞嘧啶等。在长期使用激素、抗菌药物、抑癌药等致使菌群失调、机体虚弱时,或染上艾滋病、结核病时,深部真菌病尤易发作或恶化,预后不良。