大规模的双杂交系统无疑对蛋白质组相互作用图谱的绘制起到重要的推动作用。如科学家预计一个细胞中平均每个蛋白与之有相互作用其他蛋白约有2~10个,而我们现在发现的仅占其中的约7%,单一的酵母双杂交系统不可能解决所有问题。其做法如下:首先利用噬菌体显示技术从随机肽库中筛选出能够与SH3结构域特异结合的肽链,测定这些肽链的一致序列。首先两种方法是高度正交的,即具有各自的特点:如噬菌体显示技术是利用体外短肽结合的特点,而酵母双杂交系统则根据不完全如此,有的发现是与某一体内结构域结合而相互作用的。