前面所述的酵母杂交系统均是建立在对RNA聚合酶Ⅱ或Ⅲ激活的基础上,整个过程在细胞核内完成。然而许多蛋白要到膜上或胞浆内才表现正常的生物学功能。遍在蛋白(ubiquitin)的N端与C端分别与待测蛋白X与Y融合,借助待测蛋白X与Y的相互作用,重新联系在一起形成正确的折叠,引来遍在蛋白酶水解掉遍在蛋白C端下游接上的报告蛋白,如二氢叶酸还原酶。如果遍在蛋白C端下游不接报告蛋白,而接一融合的转录激活因子,如PLV(ProteinA‐LexA‐VPl6),通过对报告基因表型的观察,筛选的步骤则可大大地简化。
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