除了利用密度梯度超离心法纯化DNA外,也可以利用羟基磷灰石、甲基化清蛋白‐硅藻土、凝胶过滤等柱层析纯化DNA。利用羟基磷灰石对于单链与双链、天然与变性等核酸的吸附差异,在低磷酸盐缓冲体系中上样,使核酸分子吸附到羟基磷灰石上,然后增高磷酸盐浓度进行洗脱分离。洗脱吸附的核酸分子时,可采用阶段洗脱或梯度洗脱。如果把细胞裂解物直接加到羟基磷灰石柱上,先用含8mol/L尿素的0.24mol/L磷酸盐缓冲液洗涤蛋白质和RNA等细胞组分,再用0.15mol/L磷酸盐缓冲液洗净尿素,最后用0.5mol/L磷酸盐缓冲液洗脱细胞染色体外DNA,由于高分子量的染色体DNA不能被洗脱下来。
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