与包括MS分析法在内的所有其他SNP基因分型方法相比,这种方法具有很多优点。不论是质谱分析法本身,还是单试管、液相反应,其特点都具有显著的优势。首先,由于四种dd NTP的分子量相差很多,不必使用荧光标记就可以测出基因型。在测序中使用过量的引物、对热稳定的多聚酶和热循环方案是实现延伸产物线性扩增的重要环节。因此与直接分析PCR产物或使用杂交探针分析相比,其敏感度显著提高。与建立在表面列阵理论上的技术相比,液相、单碱基延伸最大的优势可能是基因分型测序可以简便随意地、以任何规模设计或解聚。在以SNP为基础的药物基因组学研究中这一点对其证实和筛选具有深刻的影响。
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