目标蛋白消化过程中的胰蛋白酶自溶对标定是非常有用的,但必须知道胰蛋白酶的来源是猪还是牛,绝大多数的分析质量范围都在多肽指纹质谱中出现的两个主要的猪胰蛋白酶自溶峰之间。采用何种内标取决于所用的MS,不过推荐下列两个多肽较为常用:胰蛋白酶Ⅱ 824 ﹒ 509 [ M + H ] +。MALDI PMF中其他的猪胰蛋白酶自溶峰包括515 ﹒.其次,加入的多肽可能与待测多肽重合,而将这些多肽从数据库中排除。