肿瘤的细胞免疫治疗的副作用的主要为对免疫系统的影响。在黑色素瘤细胞免疫治疗中有20%患者可发生白癜风,这在树突状细胞(DC)肿瘤疫苗治疗时多见,可能是治疗时诱发的自身免疫性疾病。其他报告有发热、恶心和对小牛血清过敏反应等,有些反应随着对细胞因子纯化方法和细胞培养方法的改善等可减少其发生。由于细胞免疫治疗是在体外培养自身的抗肿瘤效应细胞,因此整个疗程时间较长,培养方法较复杂,要求严格,整个治疗费用较高,这些因素限制该法推广应用。