药物的化学结构与药理活性或毒性之间的关系称为构效关系(structure activity relationship,SAR),是药物化学的主要研究内容之一。药物化学结构的改变,包括其基本骨架、侧链长短、立体异构(手性药物)、几何异构(顺式或反式)的改变均可影响药物的理化性质,进而影响药物的体内过程、药效乃至毒性。基于分子结构的三维定量构效关系(three-dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR)逐渐取代了定量构效关系在药物设计领域的主导地位,至今已成为计算机辅助药物设计的基本手段与分析方法。
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