应用酶工程技术所产生的工业产值已达几百亿美元。第三代酶即包括辅助因子再生系统在内的固定化多酶系统正在成为酶工程领域的主角。固定化酶与固定细胞在医药工业中的首先应用是消旋氨基酸的拆分,并已用于L天冬氨酸、L瓜氨酸、L色氨酸、L丝氨酸、L丙氨酸、L异亮氨酸和GSH、γ氨基丁酸等的生产,也用于生产抗生素类药物如6 APA、7 ADCA、7 ACA、氨苄青霉素、头孢噻吩、头孢氨苄等。有机酸类药物如L苹果酸、L酒石酸、L乳酸、葡萄糖酸和长链二羧酸以及维生素类药物如山梨糖与L古龙酸、CoA、肌醇等也广泛采用酶工程生产技术。
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