蛋白质芯片阅读仪(SELDI‐TOF‐MS)采用了80年代后期在有机质谱中出现的能高灵敏度、准确和快速的分析多肽和蛋白质的新型生物质谱— — —基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix‐AssistedLaserDesorptionIonizatio,MALDI‐TOF‐MS)的技术原理。将靶盘装入质谱仪的离子源内,当脉冲激光(337nm氮激光)照射到芯片的靶点上时,基质吸收了激光的能量跃迁到激发态,电离通常是基质上的质子转移到蛋白质分子上,导致了蛋白质的电离和气化。