4.2 药效团的产生

药效团可由不同的方法产生，取决于对靶标结构或构效关系的认识。如果已知受体的三维结构，可由受体与配体结合的复合物结构推导出药效团。若是未知的受体结构，可根据化合物的构效关系确定药效团。如果只有蛋白的三维结构，没有配体-蛋白复合物结构时，可用GRID程序计算蛋白的GRID分子相互作用场（MIFs）的能量最低点，然后将这些点转换成药效团特征，程序还将药效团的生成与其他计算技术如分子对接、动力学模拟以及构象分析等结合起来。药效团特征是具有物理或化学功能的单元，用原子、基团或化学片段来表示，可分为六种：正电中心、负电中心、氢键给体、氢键接受体、疏水中心和芳环质心。这六种特征可以不同的组合和距离，形成特定的药效团。