传统的虚拟筛选法在小分子药物或药物先导化合物的发现中已应用非常广泛,但将虚拟筛选法用于寻找多靶点作用的天然药物分子还不是很多。两者的基本原理相同,但具体操作上还存在多个方面的差异:①化合物库方面,小分子化合物库分子量较小,在进行虚拟筛选之前一般都要通过Lipinski类药5原则进行初筛剔除非类药分子,而对于天然产物,不符合Lipinski类药5原则规律,分子量普遍偏大。筛选模型方面,传统的虚拟筛选方法往往只是一个模型,有时也将蛋白结构模型与药效团模型综合进行搜索,但其反映的是同一个靶点的信息,然而对于多靶点作用的天然产物的研究需要反映多个靶点的信息,可以是多种不同蛋白分子的三维结构或者相应药效团模型。
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