在核酸疫苗中,质粒DNA载体只是用来编码特异性的抗原,使之在宿主细胞中表达以刺激机体产生免疫应答,而载体本身似乎并不具有免疫刺激作用。但最近发现细菌DNA本身也是一种免疫佐剂,它诱导特异性免疫应答的性质已被发现。核酸免疫中发现,极少量抗原(pg/ml~ng/ml)即可在体内诱导出有效的免疫反应,这一谜团已被最近的研究揭开,认为质粒DNA根据其作用可分为两部分:一是指导抗原合成的转录单位,指导抗原合成。但也有人认为质粒DNA骨架中存在的非甲基化的二核苷酸CpG很可能不是免疫应答差别的主要原因,因pCI中存在三个这样的序列,pSI N中存在四个,而pSI N大小是pCI的两倍多。
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