细菌的耐药表型通常由其耐药基因型(genotype)所介导,耐药基因型的产生主要有:①获得具有耐药表型的外源性基因。细菌自身基因的突变而引起表现型的改变,包括抗菌药靶位点的改变、增强了外排机制、引起外膜蛋白的改变、限制了药物的进入等。细菌的耐药基因可通过细菌间的传递而使不具有耐药基因的细菌获得耐药基因。但是,通过测序法大约只能解释60%的已知耐药,其原因之一是突变的位点是不断发生的,新的位点突变与耐药的关系也是逐渐认知的,因此要不断把新的耐药突变加入到数据库中。