确定酶蛋白功能的方法主要有两类:一类是基于与已知功能蛋白质的相似性(包括序列和结构相似性)。独立于相似性的方法主要有phylogenetic profiling和gene neighbour方法,它们或多或少地与蛋白质天然构象预测的基本方法存在密切的联系。因此,良好的天然构象预测方法对确定酶蛋白功能是很有应用价值的。