基因组和蛋白质组计划的目的之一是最终对疾病的治疗提供可能的新的靶点。然而基因组信息缺乏对蛋白的定性和定量、缺乏对蛋白亚型的了解、缺乏对蛋白亚细胞定位或易位信息,这意味着基因组不是蛋白质组有效的代替物,这就迫切需要蛋白质组学参与到药物发现的过程中。归纳起来,蛋白质组学在药物发现方面的应用主要包括以下三方面,其简要过程见图18‐7。用这种方法评价药物毒副作用更客观、准确而且花费较少,这对于传统的以血液、组织的生化参数测定为基础的方法是很好的补充。