基因芯片的基本原理是DNA分子的杂交和检测。然后将要分析的样品mRNA逆转录为荧光标记的单链cDNA,与DNA微阵列进行杂交反应,再用激光共聚焦扫描检测微阵列上各点的荧光强度,推算出待测样品中各种基因的表达水平。基因芯片技术实际上就是高度集成化的反向斑点杂交技术,解决了传统核酸印迹杂交操作复杂,自动化程度低,检测目标分子数量少,成本高、效率低,结果客观性差等问题。